El 28 de agosto de 1939, la Mona Lisa abandonó el Louvre y el 3 de septiembre, cuando ya se había declarado la guerra, se tomó la decisión de garantizar que todas las más preciosas obras serían sacadas de las instalaciones al final del día.

Durante la guerra, la doncella sonriente de Leonardo da Vinci se trasladaría otras cinco veces, antes de ser traída de vuelta sana y salva. Fue un viaje sin precedentes para la pintura más famosa del mundo.

Viajando de polizones en varios cientos de cajas, esculturas, objetos decorativos y 3690 pinturas se pusieron en camino. El viaje fue una hazaña logística de embalaje y carga de camiones. Las carreteras de Francia pronto se vieron atestadas con treinta y siete convoyes que se unieron a las multitudes que ya abandonaban la ciudad.

El evento fue también una oportunidad para contemplar, a menudo con una cercanía sin precedentes, las obras más emblemáticas del museo, de repente bajaron de su pedestal la Victoria de Samotracia, antes de ser enviada al castillo de Valençay, la Venus de Milo o la Mona Lisa , la cual sería trasladada primero a Chambord, luego a Louvigny, la Abadía de Loc-Dieu, el Museo de Montauban y finalmente a Montal, junto con otras pinturas del Louvre.

Jacques Jaujard, director de los Museos de Francia en ese momento, tuvo la poco envidiable tarea de supervisar los movimientos de estas obras almacenadas, bajo la amenaza constante de los peligros de una invasión.

El Louvre durante la Segunda Guerra Mundial no dejaba de ser un palacio, en el corazón de una capital que sufría una de las ocupaciones más largas y dramáticas de su historia. Las autoridades alemanas, con la intención de devolver a la ciudad de París una apariencia de vida cultural, ordenaron la reapertura del museo en septiembre de 1940.

Esta apertura parcial fue meramente simbólica, con itinerarios indicados en alemán y muchas de las galerías y salas de exposición completamente vacías y abandonadas. Las señales de la guerra estaban por todas partes, jardines ornamentales transformados para cultivar hortalizas, daños causados por los bombardeos cercanos, etc.

Durante la guerra, los nazis saquearon las obras de arte procedentes de colecciones privadas, pertenecientes a familias judías prominentes o a marchantes de arte. Estas obras fueron meticulosamente embaladas y protegidas, como preparación para su partida a Alemania. Este proceso se desarrolló en las galerías del Louvre dedicadas a las antigüedades de Oriente Próximo. El área fue requisada por los nazis y rápidamente inaccesible al personal del museo.